Bakteri çeşitleri, günümüzde yararlı ve zararlı olmak üzere çok çeşitli türlerde bulunmaktadır. Bakteri çeşitleri üzerine geçmiş yıllardan günümüze kadar birçok araştırma yapılmış ve günümüzde de bu araştırmalar hala yapılmaktadır. Yapılan araştırmalar sürekli olarak yeni bir bakteri çeşidinin ortaya çıkmasını sağlar. Ortaya çıkan bakteriler ise genellikle deneylerde kullanılarak tıbba faydalar sağlar. Bunun yanı sıra bakteri çeşitleri iki farklı grupta incelenmektedir. Bunlar hetotrof ve ototraf bakterilerdir. Bunlar direk olarak beslenme şekillerine bakılarak sıralandırılsa bile hepsi çok farklı özellikler taşımaktadır.

Bu bakteriler 1970'li yılların sonunda keşfedilmiştir ve birçok biyoloğu şaşırtmıştır bunun nedeni ise bu bakteriler çok ekstrem ortamlarda yaşamasıdır. Örneğin, metanojik arkeabakteriler, anaerobik ortamlarda yaşarlar ve metabolizması sonucu metan üretirler. Büyük baş hayvanların karınlarında yaşayabilirler büyük baş hayvanların ürettiği bağırsak gazlarının sonucu da bu bakteriden kaynaklanmaktadır. Bu bakteri çeşitleri tuz oranı çok yüksek ortamlarda yaşayabilirler. Termoasidofilik arkeabakteriler ise çok yüksek sıcaklıklara sahip asit çukurlarında yaşayabilir bu ortamlarda sıcaklık 100 santigrat derecenin üzerinde olabilir. Bu bakteri çeşitleri ökaryotların atası oldukları öne sürülmüştür.

Çubuk Şeklindeki bakteriler (Bacillus) silindir şekline gözükmektedir fakat bu bakterilerin boyları kendi eninden geniştir. Ancak bu biçimleri cins ve türlerine göre değişebilir. Besi yerinin bileşiminin ve diğer koşullar da bakterilerin morfolijileri üzerinde etkileri vardır.

Bu bakteri çeşitleri spiral olanlara oranla, morfolojik olarak cins veya tür içinde daha fazla homojenite gösterirler. Çapları genellikle 0.8-1.0 mikrometre arasındadır. Hastalık oluşturan çapları çok az daha büyüktür.

Uzun bir eksen etrafına helezoni şeklinde sarılmış bir vücuda sahiptir, çok rahat bükülebilir ve uzun eksen etrafında dönerek hareket edebilirler. Uzunlukları türler arasında farklılık gösterebilir.

Gram boyası ile boyandığı takdirde mavi-mor renk veren bakterilere gram (+), kırmızı-turuncu renk veren bakterilere ise gram (-) bakterileri denir. Farklı renklerde çıkabilir bu olay bakterinin hücre çeperinin özelliklerinden kaynaklanmaktadır.

Saprofit bakteriler bitki ve hayvan artıklarındaki organik bileşikleri daha kolay bileşiklere ayırırlar. Bu şekilde hem kendilerine besin ve enerji elde ederler bunun yanı sıra toprağın zenginleşmesini sağlarlar. Bazı bakteriler de humustaki organik maddeleri daha kolay ayrıştırarak bitkilerin alabileceği inorganik maddelere dönüştürürler. Madde devirlerini gerçekleştirmesine yardımcı olurlar ancak çürüme sonunda ortaya çıkan maddeler çoğunlukla kötü kokarlar.

Fotosentetik bakteriler: Sitoplazmalarda serbest klorofil taşırlar. Fotosentez yaparlar lakin açığa oksijen çıkmaz.

Kemosentetik Bakteriler: Nitrifikasyon bakterileri, denitrifikasyon bakterileri, demir bakterileri ve kükürt bakteriler gibi grupları içerir. Nitrit, amonyak, demir, kükürt ve benzeri gibi zararlı olan maddeleri oksitleyerek zararsız bir hale getirirler. Bu oksitlemeler sonucunda kimyasal enerji açığa çıkar. Kemosentetik bakteriler çoğunlukla azotlu, kükürtlü, demirli maddeleri oksitler.

Bazı Bakterilerin enzimleri bulunmamaktadır. Parazit bakteriler kendi başlarına herhangi bir sindirim olayı gerçekleştiremezler. Bu bakteriler ihtiyaç duydukları besinleri hazır olarak dışarıdan alırlar. Bu tür bakterilere parazit bakteriler. Bu bakteri çeşitlerinden bazıları hastalık yaparlar ve bunlara da patojen bakteriler denir. Patojen bakteriler üzerinde yaşadıkları konak canlının ölümüne sebep olabilirler fakat üzerinde yaşadığı canlı ile uyum sağlamışlarsa ölüme yol açmazlar. Zira konak canlı öldüğü takdirde kendileri de yaşayamazlar.