Bakteriler, birbirinden bağımsız olarak yaşamlarını sürdürebilen küçük organizmalardır. Hücre yapıları prokaryottur ve boyutları ile biçimleri açısından diğer mikroorganizmalardan ayrılırlar. Bakterilerin sahip oldukları boyutlar, tür ve cinslerine göre farklılık göstermektedir. Büyük bakteriler genellikle saprofit olarak bulunurlar. Prokaryot hücre yapısına sahip olan bakterilerin kendilerine ait bir hücre yapıları vardır. Gözle görülemeyecek kadar küçük olan bu organizmalar, optik incelemelerde belirli şartlar altında incelenebilir. Bu şartlar, ancak ışık mikroskobunun sahip olduğu büyütme ve çözünürlük yetenekleri sınırlarında, 500-1000 kez büyütmelerle mümkündür. Bakterilerin büyüklüğüne sahip objelerde kontrast çok azdır. Bu zaten birçok yerde bilinmektedir. Kontrastın artırılmasına yönelik yöntemlerden biri faz kontrasttır. Başka bir yöntem olarak da karanlık alan mikroskopileri, kontrastın azalmasına yardımcı olabilir. Her iki yöntem de hücrelerin canlı olarak izlenmesi için yapılmaktadır. Kontrastın artırılması için uygulanan kimyasal yöntemlerden biri boyama uygulamalarıdır.

Bakteriler, Monera alemini oluşturan en yaygın ve en çok bilinen mikroskobik canlı türleridir. O kadar yaygındırlar ki tüm dünyada hemen hemen bulunmadıkları yer yoktur. En çok organik atıkların bulunduğu yerleri severler. Organik atıklarda ve suda yaşarlar. Bakterilerin hava ile çok uzak mesafelere taşınma gibi özellikleri vardır. Bakterilere aslında bütün hayatsal olayların gerçekleştiği en basit canlılar diyebiliriz. Bakterilerin hepsi mikroskobik ve tek hücrelidirler. Hemen hemen hepsi birbirine benzer özelliklerdedir. Büyüklükleri en fazla, normal ökaryotik hücrelerin mitokondri büyüklükleri kadardır.

Bakteriler, prokaryot hücre yapısına sahiptirler. Prokaryot oldukları için zarla çevrilidirler ve çekirdek, mitokondri, kloroplast, endoplazmik retikulum, golgi gibi organellere sahip değildirler. Fakat bu organeller sitoplazma adı verilen sıvının içinde dağınık olarak bulunurlar. Ribozom, temel organel olarak kabul edilebilir. DNA, RNA, canlı hücre zarı ve sitoplazma, bütün bakterilerin temel yapısında bulunan yapıtaşlarıdır. Bunun yanında bakteri hücreleri, cansız bir çeperle sarılmıştır. Çeperin yapısı, bitki hücrelerinin yapısından farklıdır; selüloz içermezler. Bazı bakterilerin hücre çeperinin dışında kapsüller bulunur. Kapsüller, bakterilerin dirençliliğini ve patojen olma özelliğini artırabilir. Patojen olmak, hastalık yapabilmek anlamına gelmektedir.

Bazı bakteri çeşitleri kamçılarıyla hareket ederler. Bazı bakteri çeşitleri ise kamçıları olmadığı için sadece bulundukları ortamla birlikte pasif bir şekilde hareket halinde olabilirler. Bu özelliğe göre bakteriler kamçısız, tek kamçılı, bir demet kamçılı, iki demet kamçılı ve çok kamçılı gibi gruplara ayrılabilirler. Bazı bakteri türleri, mezozom denilen zar türlerini yapılarında bulundururlar. Bu mezozom içinde oksijenli solunum enzimleri vardır. Oksijenli solunum gerçekleştirebilen fakat mezozomu bulunmayan bakteri çeşitlerinde ise solunum zinciri enzimleri hücre zarına tutunmuş halde bulunur. Bakterilerde de yapının birçoğu insan yapısı gibi sudan oluşmaktadır. Bu oran bakterilerde 9/10, insanlarda 3/4 olarak gösterilebilir. Bakterilerin yapısındaki suda çözünmüş maddeler hücre zarından giriş ve çıkış yapabilirler. DNA'lar da sitoplazmaya serbest bir şekilde dağılmışlardır. Bakteriler, ökaryot hücrelere göre daha çok ve daha küçük boyutlarda ribozom içerirler. Bu sayede protein sentezleme hızları çok yüksektir. Bakteriler sadece kamçıları bakımından gruplanmazlar. Birçok özelliklerinden dolayı gruplanabilirler. Bu özelliklerden bazıları şekilleri, beslenmeleri ve boyanmaları gibi konulara ayrılmaktadır.